En la capilla del lado de la epístola se encuentra el sepulcro de estilo renacentista de D. Francisco de Estrada y Bailón, que como indica la inscripción fue cura de esta iglesia que murió en 1558, al que se dedicó la capilla. El sepulcro se encuadra en un arco de triunfo enmarcado por dos columnas que soportan un entablamento. El friso que decora la cama presenta dos angelotes que sostienen una cartela con el escudo de armas del finado. Este friso es muy similar al que aparece en el zócalo del Retablo Mayor de la Iglesia de Santa María de Portugalete, obra de Juan de Beaugrant y Juan de Ayala de hacia 1549 y que trabajaron por esas fechas en el retablo de la Catedral de Santo Domingo de la Calzada.

Junto a este sepulcro, hallamos a su izquierda otro de menor tamaño y del que se conserva el arco de medio punto rematado por una cruz decorada con motivos vegetales. La cama ha sido eliminada. Ahora se ha colocado en su frente una imagen de San Antón Abad.

Según consta en los Libros de Fábrica de la iglesia, en 1670 se recibió una “visita episcopal”, en la cual el visitador ordenó que se retirase un busto y un sepulcro que se hallaban en la capilla, ya que la capilla fue adquirida por Doña Magdalena de Aldama, vecina de Santo Domingo de la Calzada.

Frente a los sepulcros se halla un retablo de un cuerpo de tres calles y ático. El retablo está presidido por la imagen del Corazón de Jesús bastante moderna, flanqueada por la imagen de Santo Toribio de Astorga (patrón de Villalobar) de comienzos del siglo XVIII y por San Isidro Labrador. En el ático se observa a San Roque, de la segunda mitad del siglo XVII. Detrás de estos santos, encontramos pinturas en tabla de San Francisco de Asís, San Antonio de Padua y San Lorenzo realizadas por Pedro García de Riaño en el primer tercio del siglo XVII y que formaban la decoración primitiva del retablo.